精神疾病司法鉴定必须遵循一定的程序，这是鉴定活动的基本要求。精神疾病司法鉴定程序包括鉴定的提起、鉴定的实施和鉴定结论的出具三个阶段。

1 鉴定的提起程序。案件中的精神疾病司法鉴定，应当由相应的司法机关委托进行。案件的当事人、代理人、辩护人提出鉴定要求的，应当向司法机关提出申请，由司法机关决定，司法机关同意的，由司法机关委托鉴定。

2 鉴定的实施程序。精神疾病司法鉴定组织可以根据不同情况，选择直接鉴定、缺席鉴定及文证审定等不同鉴定种类。被鉴定人能够配合和受鉴定的，应当选择直接鉴定；被鉴定人不能够配合和接受鉴定，其他材料足以进行鉴定的，可以选择择缺席鉴定；被鉴定人死亡的，曾经过精神疾病司法鉴定以及其他材料足以进行鉴定的，可以选择文证审查。参加精神疾病司法鉴定的专家应当不少于三人。司法精神疾病鉴定组织在鉴定实施阶段，约定预先阅卷，了解案情，做相应的社会调查。要明确对疾病的诊断要求，要有科学依据。对各种法定能力和因果关系要进行准确的评定。

3 鉴定结论的出具。在作出精神病司法鉴定结论时，参加鉴定的精神病司法鉴定人应当签署鉴定意见；如有不同意见时应当分别记录在案。精神病司法鉴定结论以《精神病司法鉴定书》的形式作出。《精神病司法鉴定书》经鉴定人签名并加盖精神病司法鉴定组织的公章。精神病司法鉴定组织应当在法定期限内完成鉴定，并将《精神病司法鉴定书》送达鉴定委托机关或者鉴定申请单位。司法机关对精神病司法鉴定结论有异议或案件的当事人对鉴定结论有异议并要求再次鉴定，办案机关同意的，应当由办案机关指定原鉴定组织补充鉴定或者聘请另外的鉴定机构重新鉴定；必要时，也可以委托省、市精神病司法鉴定委员会专家组鉴定。